结束第一阶段作战后的德军虽然师老兵疲，但德军的士气在取得的巨大胜利的鼓舞下仍然极度高昂，因此在马不停蹄展开第二阶段的作战后仍然保持着所向披靡的兵锋和强大的战斗力，仅一个月不到就拿下了列宁格勒，完成与芬兰军队的会师，并且在大西洋北部和北冰洋西部的海域上封锁了苏联。尽管弹药消耗巨大，尽管后勤运输线一时间无法完善地建立，尽管损失很严重，尽管一半以上的坦克和汽车已经报废或正在维修，但德军确实表现出令人难以置信的顽强精神，在最终胜利和军队荣誉的刺激下，德军在东欧战场上继续全力地推进。
希特勒在广播里公开宣称：“德国士兵们！我向你们保证，你们能够回家过圣诞节。”
这个声明非常清楚地折射出了德国统帅部对苏联战争的态度：年底前彻底结束战争。
德军的勇猛进攻和接连不断的战果，让北华军坐不住了。越来越多的北华军高层站在了杨宇霆这边：北华军不能太过于保守，应该跟德军一样积极进攻，速战速决彻底消灭苏联，继续停滞不前只是浪费时间和坐失良机。部分年轻气盛的北华军青年军官甚至说道“我们的德国盟友不顾疲惫、不顾困难，继续地勇猛进攻，作为对比，我们简直蒙上了胆小鬼的色彩”。
总参谋长徐永昌上将和陆军总参谋长杨杰中将仍然坚定地认为“应该在完全准备充分后再展开大规模的第二阶段进攻”。
杨宇霆质问道：“我们继续坐在原地休息，正在浴血奋战的德军会怎么看我们？”
杨杰回答道：“我们是军人，我们为国而战的目的是为了国家的利益，而不是为了取悦盟友或维持跟盟友的‘义气’。德国虽然是我们的盟友，但德国跟苏联拼得两败俱伤也符合我们的利益，我们原地休息有何不妥？”
但杨宇霆坚持的“果断出击”想法得到了绝大部分师级团级青年军官的赞同，雪片般的请战书接连不断地飞到张学良的面前。
由于这种请战意愿越来越强烈，再加上张学良的思想也有些浮动，因此徐永昌、杨杰、杨宇霆都做出了让步，最后修订的作战计划是：B军团继续按兵不动，一边休整一边负责后方占领区的稳定，A军团出动一两个集团军的兵力，从新西伯利亚西进出击，进攻鄂木斯克；C军团向中亚全力进攻。北华军第二阶段的作战，以消耗苏军为主要目的，同时牵制苏军的亚洲力量，援助欧洲战场上的德军。
客观上，以杨宇霆为代表的“积极求战”思想并非没有道理。北华军休整的时间越长，苏联和苏联军队获得的喘息时间自然也越长。在北华军停止进攻的这段时间里，莫斯科当局确实是争分夺秒地在抓紧时间进行着战备工作，重点便是扩充兵力、重建军队，敦促各个工业区超负荷地进行军火的生产，在各农业区征集粮食，同时面对着各前线部队节节溃败的恶劣表现，斯大林采取了最严厉的处罚手段来惩戒他认为是严重失职的将领和军官，以期在全军能起到杀一儆百的效果。以基辅战役的苏军高级指挥官巴浦洛夫大将为代表，数十名将级军官在从前线逃回或撤回后方后，都被逮捕，并且基本上都被枪决。斯大林厉声指示道：“我批准的这个判决不要延误！立刻照办！不许他们上诉！用命令的方式把判决结果通告各部队！对于打了败仗、丢了国土、失了职责的人，绝不手下留情！”
斯大林的处罚是非常严厉的，上百名将校级高级军官被处决，还有数以千计的中层军官被关入劳改营，有的能幸免一死得以重返前线将功赎罪，更多的则被活活折磨死或倒在了行刑队的枪口下，家人也被牵连，落得被流放或被关押的结局。苏军统帅部同时非常严厉地告诫前线的每个将领、每个军官、每个士兵：苏联红军没有战俘，只有叛徒！丢失阵地的人、擅自撤退的人、投降的人、投敌的人、被俘的人，都会被视为叛徒！并且家人一律牵连获罪！
这样的命令无疑是蛮横而残酷的，连被俘的人都会被视为叛徒，这肯定会让很多尽忠职守到最后一刻的官兵蒙上不白之冤，但如此残酷的命令确实在很大的程度上震慑了前线的苏军官兵。并且这样的命令实质上以前线官兵在后方的家人作为人质，逼迫前线官兵死战到最后一刻。对于前线的苏军来说，他们只有两个选择：死战，或者，战死。
斯大林的冷酷独裁手段使得苏联的政治体制完全是极度的极权专制，极权专制肯定不利于国家的长治久安，但在国家存亡危机的关头确实能切实有效地使得全国都众志成城地背水而战，让整个国家爆发出最强大的战争潜力。暴风骤雨般的几个月下来，苏联原先的正规军已损失殆尽，但苏联毕竟是个拥有1.9亿人口的大国，源源不断的新兵从各地被征调入伍，接着便投入了战场。不但如此，苏联军队还有一种特殊的预备役部队补充体制，苏军每个师的师长，往往配有两位甚至三位副师长或参谋长等高级干部，以及几名特殊的候补政治委员。当战争爆发之时，师长和政委带领着部队开赴前线，而副师长和参谋长、副政委则原地待命，并迅速接手调拨补充过来的新兵或预备役部队，组建同一个番号的第二个师，不至于出现有兵无将的局面。这样，苏军一个师的领导班子往往是两三个领导班子的成员，可以十分有效率地进行预备役部队的扩充和整备工作，源源不断地补充前线损失的部队。只是，这场突如其来的战争让苏军损失过于惨重，一时间仓促之下难以恢复元气。
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