“黑暗之力再现，吾早就说过了，人类野心欲望会让这个世界走向毁灭，没有必要再关注，世界之树起源创世，即使世界毁灭也不会消失，吾等没必要再为这样的人类世界庇护。”世界之树的最底部，世界之树的根源所在，一道声音猛然响起，在树下的树木根源的所在，一个奇异的洞窟之中。
洞窟各地漂浮着一颗颗青色球体如同果冻一样，而洞窟的边缘岩壁上面，不时的闪现出一只只绿色的奇怪生物，看起来如同细胞草履虫一样的生物，而在山洞的下面则是一个青色的水池，树木的根茎从四面八方连接到水池之中，可见世界之树也是从中摄取养分的。声音正是从那密密麻麻的根茎之中传出来的。
“你的决定太过武断了，孤不能苟同，别忘了世界不止有人类，还有神奇宝贝，世界毁灭无数的神奇宝贝也会随之灭亡。”另一道声音响起，声音中夹带着一种特别的霸气和无法抗拒的气势，交流之间竟然是在决定人类与神奇宝贝的存亡，但是很显然两道声音的主人的意见有所不同。
“有人类的存在，欲望和野心会让神奇宝贝更加痛苦而已，与其痛苦不如就此消散！”另一道声音再度响起，语气之中充满了冷漠。随即便陷入了沉默之中，许久之中反对的声音再度响起。“你的想法太过极端了，孤想再给人类一次机会，你和孤亲眼去见证看看，若是人类依旧不知悔改，孤可以便认同你的想法，若是证明人类善良依旧躲过野心，孤亲自毁灭人类！”
“哼！无所谓，事实会证明吾的想法是正确的，这一次你注定是白走一次，不过算了，吾就陪你去看看，让你死心！”冷哼声响起，随后声音静止了，总算是有一次达成了共识了，没有人这一交谈直接影响了人类的未来，而此时回到神和镇，此时的神和镇因为阿诺克斯和洛奇亚的战斗而被破坏的城镇。
破坏程度也相当严重，所以如今的神和镇正在进行重建，而阳的身体也差不多都恢复了，此时在希罗娜家的院子里面，和自己的神奇宝贝们在一起锻炼着身体，这几天都躺在房间里面，实在是太无聊了，而小智等人也都在旁边，他们倒是没什么事情，而随后希罗娜和芥子兰婆婆走进来了。
“身体没事吧？不要在外面太久。”看到了阳以后，希罗娜立刻就上前来说道。这几天就算是阳说没事了，希罗娜也不同意阳在外面乱走，一直到昨天才稍微松了一点，但是也不让阳在外面太久，就是担心阳的身体状况，阳闻声后只能无奈的说道。“好了！我也没什么事，不用太担心了！”
“话是这么说，但才几天的时间，还是要小心一点才好！”希罗娜闻声后立刻开口道。旁边的小智等人都忍不住为阳叹了口气，不过也没办法，希罗娜这是关心自己，所以阳也什么都没有说，回答了希罗娜一声，随后看向了旁边的芥子兰婆婆。“婆婆有调查出什么嘛？”
“嗯！这一次回来正好要跟你们说，你的身体没问题的话，就跟我来一下吧！”芥子兰婆婆闻声后严肃的说道。阳闻声后看了看旁边的等人，看样子似乎是很严重的事情呢！随后点了点头，众人就跟着芥子兰婆婆一起来到了神和镇中心的洞窟，跟着一起走了进去，很快的来到了洞窟的最深处。
跟上次一样依旧是原先的壁画并没有什么不一样，而芥子兰婆婆却开口说道。“以前我一直以为，这个古代遗迹的洞窟，就已经是全部的秘密了，不过事实好像不是，这一次之后，我在旁边发现了另一个秘密，你们大家跟我来吧！小心一点！”
众人跟着芥子兰婆婆一起朝着另一边走去，很快的来到了洞窟的另一边，漆黑的洞窟基本上看不到，却见这个地方原本应该是洞窟的墙壁，但是此时却出现了一个缺口，阳看了看这个缺口，微微皱了皱眉，而其他人也都很惊讶，芥子兰婆婆开口道。“我来了以后发现，原来这一面墙壁是空心的，里面还有入口！”
（注：老实说，XY的设定，三只神奇宝贝都是跟世界树有关系的，而世界树之前在波导勇者的剧情有出现，那个剧情瓶子我没有写，但是那个剧情是在芳缘地方的时候出现的，当时的世界树只有梦幻和三圣柱，没有三神的存在，而在动漫之中Z神居住的洞窟是在卡洛斯，那里有能够让它恢复体力的地下水池。
所以到底三神是在芳缘地方还是卡洛斯呢？这一点就很不能理解了，所以接下来的设定，还是决定三神起源是芳缘地方世界树，至于卡洛斯当然最后也会有合理的设定，现在主要是将后来的剧情引出来，老实说三神跟洛奇亚还有阿诺克斯没有太大的联系，不过有看XY动漫的应该知道。
Z神有两个核心，两个核心有各自的意识，两只核心曾经交谈过，被抓走的那一只，主张切断与人类的联系，就好像介绍中，世界到了危机关头的时候，它们就会出现，所以瓶子猜测，Z神的这一只核心因为一直受到攻击，所以不愿意再帮助人类，而另一个核心，也就算跟在小智身边的。
感觉这一只核心是有主导地位的，它主张的却是再继续鉴察一段时间再做决定。所以说了这么多，是为了说明Z神出现，是世界陷入危机的时候，所以阿诺克斯出现就是一个危机，所以它们就出现了，绝对不是强硬的加入无关的剧情，而是合理的安排，到时候到了卡洛斯剧情部分，也会有详细的描述。）
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